El papel portuario de Bayona se inscribe muy pronto en la historia de la villa.

Es en la Edad Media cuando Bayona se convierte realmente en un puerto marítimo y fluvial que conoce su edad de oro entre los siglos 12 y 14 bajo la soberanía inglesa. Ubicado en la confluencia del río Adour y de su afluente el Nive, en una zona llamada "el gran mar", la villa amplía sus actividades marítimas a las dos márgenes del río Nive.

Además, la parte baja de la villa se extiende y gana terreno a los humedales o zonas planas anfibias, es el barrio de "los puertos" interiores, se trata de una serie de canales con mareas por los que circulan barcos pequeños como los tilholes y las chalupas.

El renombre del puerto se basa en gran parte en el de los astilleros que construyen navíos de alta mar (naves, galeras, pinazas, …).
Las relaciones comerciales son prósperas con Navarra, Flandes, con las ciudades hanseáticas y sobre todo con Inglaterra.

A fin de favorecer dicha actividad, esencial para la villa, los Bayoneses no cesaron de luchar para dominar el río y su desembocadura en el Océano Atlántico.
Durante la Edad Media, el Adour vierte sus aguas al océano en Capbreton, es un auténtico antepuerto situado a unos quince kilómetros de Bayona.
Es entre 1410 y 1430 y debido a una serie de fenómenos naturales que asistimos al desplazamiento de la desembocadura más al norte, a 32 kilómetros de la ciudad acarreando con ello el declive de las actividades marítimas.

En 1578, tras la creación de unas colosales obras dirigidas por el ingeniero Louis de Foix, se crea un estuario artificial a 6 kilómetros de la villa. Esta salida en la parte nueva de Boucau aporta sustanciales mejorías a Bayona y a todos los núcleos urbanos de sus alrededores.


 

La nave es un navío de alta mar con un solo mástil, tablazón y timón axial (también llamado timón de codaste) "a la bayonesa o a la navarresa". Escultura de la bóveda de la nave del crucero de la catedral de Bayona. (Foto: Asociación Lauburu).	Mapa pegado sobre lienzo, dibujado con pluma y acuarela, data de 1840 (Archivos de la C.C.I. de Bayona)
Extracto del mapa de 1840 que presenta la desembocadura en Capbreton, en la Edad Media (hasta 1410 - 1430), Bayona está, por vía fluvial, a 15 km del océano Atlántico.	Extracto del mapa de 1840 que representa la desembocadura en Vieux-Boucau, de 1410-1430 hasta 1578, Bayona está, por vía fluvial, a una treintena de kilómetros del océano Atlántico.
Extracto del mapa de 1840 que representa la desembocadura creada en 1578, obra de Louis de Foix, (antes de las obras).	Parte en relieve del mapa. En lo sucesivo, Bayona se encuentra a 6 km del océano, (después de las obras).